أكد مصدر أمني أن وزارة الداخلية حددت معهد أمناء الشرطة الملاصق لسجن مزرعة طرة لمحاكمة مرسي وقيادات الإخوان، وأن الوزارة اتخذت كل الإجراءات الاستعدادية الغير مسبوقة لتأمين انتقال مرسي إلي معهد الشرطة، لبدء أولي جلسات محاكمته، إلا أنها أوصت بعدم نقل الجلسة بث مباشر، حيث أن الأفضل أن يتم تسجيل المحاكمة وعرضها عقب انتهاء الجلسة في برامج التوك شو المسائية .
وقد انتقل فريق من قضاة محكمة استئناف القاهرة توجه إلى معهد أمناء الشرطة الملاصق لسجن مزرعة طرة، وأبدوا موافقتهم على عقد جلسات محاكمة مرسى وقيادات الإخوان بداخله، بشرط تجهيز قاعة وتأمينها. وذلك بعد أن أبدي القضاة والمسئولين الأمنيون عن تخوفهم من عقد الجلسة باكاديمة الشرطة حيث من المحتمل احتشاد أنصار الإخوان أمام الأكاديمية، وعلى الطريق الدائرى الذى تمر منه سيارات الترحيلات، بينما انعقاد جلسات المحاكمة بالمعهد ستكون أكثر أمنا، لعدم خروج سيارة ترحيل المتهمين من سجن طرة ومرورها عبر بوابة داخلية إلى مقر المعهد . حيث تم الانتهاء من التجهيزات التى طلبتها محكمة استئناف القاهرة لتأمين القاعة، وتم إنشاء منصة وقفص اتهام تمهيدا لبدء المحاكمة.
وكانت محكمة استئناف القاهرة برئاسة المستشار نبيل صليب قد حددت جلسة 4 نوفمبر لنظر أولي جلسات محاكمة الرئيس المعزول محمد مرسى و14 متهما آخرين من قيادات الإخوان فى القضية المعروفة إعلاميا بـ«تعذيب المتظاهرين أمام قصر الاتحادية في 5 ديسمبر»
وتتضمن قائمة المتهمين ممن أحيلوا لمحكمة الجنايات إلى جانب الرئيس المعزول محمد مرسي، كل من : القيادي الإخواني عصام العريان نائب رئيس حزب الحرية والعدالة، أسعد الشيخة نائب رئيس ديوان رئاسة الجمهورية السابق، أحمد عبد العاطي مدير مكتب رئيس الجمهورية السابق، أيمن عبد الرؤوف هدهد مستشار رئيس الجمهورية السابق، علاء حمزة، عبد الرحمن عز، أحمد المغير، جمال صابر، محمد البلتاجي، وجدي غنيم، و4 متهمين آخرين
وأسندت النيابة العامة إلى محمد مرسي تهم تحريض أنصاره ومساعديه على ارتكاب جرائم القتل العمد مع سبق الإصرار، واستخدام العنف والبلطجة وفرض السطوة، وإحراز الأسلحة النارية والذخائر والأسلحة البيضاء، والقبض على المتظاهرين السلميين واحتجازهم بدون وجه حق وتعذيبهم.